正常一個新缸，全新時開缸養菌時間是會長一些。雖然菌是無處不在，但要賠殖亦要一段不少時間，一般 兩三星期是少不了的。為了加快菌的數量我們只好用不同形式的專用細菌增添加劑。但不說出來不知，很多菌增添劑內的細菌是被生產商造了“絕育手術”，即是說 不能再繁殖。所以用增菌劑，只能是解决最初缸內菌未養成的困境，日後仍要依靠自己生產的。
有很多人都說新缸不要落魚落蝦，但可知有些菌是靠魚的糞便來做食粮，如果無魚屎蝦屎菌又會餓死。因此適量的生物 是可以放入缸的，這樣會促進菌類繁殖。但若一次投入過多魚蝦，缸水內菌量未足以消化魚蝦排出的毒素，反而會被毒素所殺死。要得到最好的平衡便是遂少加入魚 蝦。直到飽和。
如果一切程序都做好依然都是白水又或者更濁那便是缸內發生變動令到大量細菌死亡，水會變成乳白色，好像濃霧一樣。這個時候水己經很壞，很難去補救。
“啤水”是一個無辦法中的辦法 - 意思是用兩條喉一面放水，一面入水。控制水流平衡和速度不能太快。大約一兩個小時(視乎缸大少)水就會全新，大部份雜質都會流走。啤水時最好把濾筒關上，免得連濾筒內的菌亦仲洗掉。
為 甚麼不一次過換掉所有的水而要慢慢去“啤水”。因為一次過換掉所有的水會令水質突然改變太快，魚草都受適應不了。另外除非是裸缸，否則附在表面的泥塵和微 粒很難一次過清洗的。“啤水”能慢慢地徹底清洗所有物質而又對魚草傷害減到最低。當然如果能夠把魚全部撈出，無後顧之憂，“啤完水”速度便可以加快。
“啤 完水”後水會好清，未做的事(如插草等)便要盡快做完！跟住當然又要添加除氯水，消化菌劑等，從頭再來。 另一“啤水”原因是當set 新缸而不幸翻了泥，弄到水很濁時，在未落任何菌時就要開始“啤水”。否則泥土會覆蓋葉面阻礙植物吸收光線，另外泥塵到處飄揚水會更難清。
很多人都有錯覺，以為大部份的菌都在水中。其實在水中的菌所佔的比例不多，大部份的菌都附在濾筒內的生物棉，生物環中，其次是泥、草、木等地方。換水其實對菌的流失不太多的。
最 快令到草缸水清徹的最佳方法便是用“舊”的濾筒和濾棉 – 此“舊”的意思是指“延續使用”的意思。有時當翻缸或轉缸時可能要花上好幾天。如關掉濾好幾天筒內消化菌肯定因缺氧而全部死亡。因此，如時間一天左右我便 會打開瀘筒蓋讓空氣流通。如遇上好幾天以上，我會用一水筒把濾筒的出入喉放入戴滿水的筒內，把瀘筒插上電源運行，這樣水流循，環放上一個月筒內的菌也存 在。
如果所有設備都是新的，就試從“舊”濾筒取出“舊”棉收入缸中先擦幾下，讓消化菌連同污穢物留在新缸水中，一個晚上水便清。如沒有“舊”東西便嘗試借一些回來吧。
市面上消化菌牌子很多，我用過最有效的是Dupla 出的乾菌。把粉狀的乾菌用布袋(絲襪)包好放入濾筒內，一兩天水便會清。
另外一提的是UV燈對此問題是起不到作用的。